La Historia de la Compañía de Jesús en la Nueva España es una suma histórica escrita por Alegre en el momento de la expulsión de los jesuitas de todos los territorios de la corona española (1767), que retoma, sintetiza y reorganiza cronológicamente las principales crónicas de los historiadores jesuitas que lo precedieron (Pérez de Ribas y Kino en particular), así como buena parte de las Cartas Anuas, informes generales elaborados cada año por la Compañía. Además de las informaciones sobre el funcionamiento interno de la orden, este libro es una auténtica mina de datos sobre la historia de la importante red de misiones que los jesuitas habían desarrollado en la Nueva España.